Um die Unbedenklichkeitsbescheinigung vom Finanzamt zu bekommen, muss der Käufer zunächst die Grunderwerbsteuer bezahlen. Auch wenn die Steuer gestundet wurde oder sichergestellt ist, dass die Steuer bezahlt werden wird und die Steuerforderung nicht gefährdet ist, muss das Finanzamt die Unbedenklichkeitsbescheinigung ausstellen (§ 22 Abs. II GrEStG). Wie viel Grunderwerbsteuer bezahlt werden muss, kann dem Grunderwerbssteuerbescheid des Finanzamtes entnommen werden, den der Käufer nach der Beurkundung des notariellen Kaufvertrages vom Finanzamt zugeschickt bekommt.
Liegen alle Voraussetzungen vor, ist die Bescheinigung schriftlich zu erteilen. Eine elektronische Übermittlung ist nicht möglich.
Normalerweise wird die Bescheinigung direkt an den Notar geschickt, der sie dann zusammen mit dem Antrag auf Eigentumsumschreibung beim Grundbuchamt einreichen kann. Allerdings kann der Käufer die Unbedenklichkeitsbescheinigung auch selbst beim zuständigen Finanzamt beantragen und sie dort abholen.
Als örtlich zuständig gilt das Finanzamt, in dessen Bezirk das Grundstück zu finden ist. Wenn sich das Grundstück über mehrere Bezirke erstreckt, ist das Finanzamt des Bezirks zuständig, in dem der wertvollste Teil des Grundstücks liegt (§ 17 GrEStG). Erstreckt sich das Grundstück über mehrere Bezirke unterschiedlicher Bundesländer, kümmert sich jedes örtliche Finanzamt um die Besteuerung des Grundstückanteils in seinem eigenen Bezirk.
Eine Unbedenklichkeitsbescheinigung wird nicht benötigt, wenn der Erwerb des Grundstücks steuerbefreit ist und entsprechend keine Grunderwerbsteuer fällig wird. Deshalb ist eine Unbedenklichkeitsbescheinigung in folgenden Fällen nicht notwendig: